这一次，万历皇帝生气了，他真的生气了：想我朱翊钧贵为大明天子，天下亿万生民之主，不就是躲进后宫享受了几天真正的帝王生活吗？你们时不时打扰我，朕忍了也就罢了，怎么还逆天了不成？为此，在一个黑漆漆的晚上，到底觉着心下不爽的万历特命司礼监掌印太监兼东厂提督张诚派人将以申时行为首辅的内阁一干重臣等尽皆传至内廷，严厉斥责了一番，最后更以不容丝毫商榷的口气，言道：“卿等身居内阁，官居一品，俱为朝廷辅弼之重臣，今后凡一般之事，卿等尽可依照朝廷定制商议斟酌而定，非是有万千紧要的军国大事，勿得来烦朕！”
申时行等诺诺而退。但饶是如此，让万历皇帝没有想到的是，朝臣中竟然还有那么几个暴食虎胆之辈，直言上疏，甚至于直把万历的怠政归结到他贪念女色之上。尤其是官卑职微的大理寺评事雒于仁那道《酒色财气四箴》的折子，更将万历的怠政，归为酒、色、财、气四个方面，直把万历气得暴跳如雷。古话说，人要脸，树要皮，更何况是堂堂一国之君。虽然那雒于仁所言与事实无假，但如此张扬叫万历如何为君为父？若不断然采取措施，堂堂大明天子的颜面何存？于是，一纸诏令从内廷传出，那几个暴食虎胆之辈，尤其是大理寺评事雒于仁，无不在锦衣卫的廷杖下屁股开花。这些挨了廷杖，屁股开了花的大臣们，轻者可能丢官丧职，重者也可能当场死于非命，侥幸活下来的亦多有残废。万历本想以残酷的廷杖，大明朝廷对付大小官员的不二法宝来禁绝内外悠悠众口，但他真的想错了，彻底想错了。死或残，固然可怕，但朝臣们自有他们自己的一套逻辑：如果因为直谏皇上，蔑视皇威或死或残，残却能名震天下，死亦可万古流芳，永垂竹帛。此正是历朝历代儒家士大夫们推崇备至的：文死谏，武死战。也正因为如此，冒险进谏者大有人在。渐渐地，万历感到一种深深的疲惫，到最后，厌烦已极的万历干脆将所有奏章一概扣留宫中不发，绝少过问了。当然，客观公正地讲，万历的怠政，倒也绝非什么事都不管。只不过，作为大明帝国的皇帝，万历对于大明王朝军国要务的管理不再是天下朝臣士子所期望的朝堂“召对”，而更多的则是躲进深宫大内之中以“圣谕”的形式经司礼监直接发布给内阁的阁臣，然而再由内阁传之于六部九卿大理寺都察院，十三道御史，以及两京十三省布政使及其所辖的各府州县衙门。