十二月初七日，延信与赶往京城的胤禵在陕西榆林附近相遇。遵照雍正旨意，延信未向胤禵提及此密谕。十二月二十日，延信行至凉州，当他“闻得大将军王的小福晋们都于十二月初五日经过凉州朝京城去了”的消息后，即于翌日密奏，并详细讲述了胤禵家属可能经过的两条路线，以便雍正派出亲信，拦截搜索他们可能带走的家信及其它材料。康熙六十一年（1722）十一月二十日，胤禛奉康熙遗诏，即皇帝位于太和殿，改元雍正。雍正帝胤禛即位后，为避名讳，其他皇兄弟都避讳“胤”字而改为“允”，胤禵被改为“允禵”。为了节制胤禵，雍正一继位立即对西北行政版图进行了大幅调整，将四川总督和陕甘总督合并为川陕总督，由亲信年羹尧担任，一举接管四川、陕西、甘肃三省，直接断了胤禵后路，将青海大军的后勤补给牢牢握在手中，胤禵20万清军饿死在青海。雍正登基后，封十三阿哥胤祥为“铁帽子王”，雍正登基，十三阿哥胤祥有擎天保驾之功。清王朝二百多年的历史长河中，立大功者不计其数，可铁帽子王总计才12位，十三阿哥胤祥就是其中的一位。但雍正不想放过政敌胤禩等人，胤禩等人也不甘心失败，所以，双方的斗争在雍正帝继位后延续下来，他在政治上采取多种措施以巩固自己的皇位。首先命胤禩、胤祥、马齐和隆科多等人总理事务。其次，消除异己，分化瓦解诸皇子集团，将胤禵从西北军前召回，加以圈禁。将胤禟发往青海西大通（今青海大通西北）。经此一举，十四阿哥胤禵当然十分悲愤，他抵京后，在景山寿皇殿拜谒乃父灵柩时，见到雍正，不肯下跪，侍卫拉锡见此僵局，连忙拉他向前。胤禵大发雷霆，怒骂拉锡，并到雍正面前，斥责拉锡无礼，说：“我是皇上亲弟，拉锡乃虏获下贱，若我有不是处，求皇上将我处分，若我无不是处，求皇上即将拉锡正法，以正国体。”
之后，胤禩从账房中走出，向胤禵云，“汝应下跪”，胤禵“寂然无声而跪”。后来，这件事又成了胤禩的一大罪状：“阿其那见众人共议允禵之非。乃向允禵云，汝应下跪。便寂然无声而跪。不遵皇上谕旨。止重阿其那一言。结党背君，公然无忌。”
康熙去世后，胤禵随即软禁于景陵读书，后因皇太后去世，晋封胤禵为郡王，但未赐封号和给予俸银，注名黄册仍称固山贝子。随着雍正统治地位的日渐稳固，雍正对胤禵也愈来愈严酷。雍正登基后，立即除掉伺候康熙六十年的心腹，内务府总管太监——赵昌。这消息一出，令人震惊万分。赵昌比康熙小三岁，陪伴了康熙整整六十年，为康熙的心腹，左臂右膀，据说康熙病重时，圣旨都是有赵昌代为传达的。雍正给赵昌定下三大罪名：其一，赵昌曾经秘密监视诸皇子的一举一动。其二、赵昌曾经送给太子火镰。其三，赵昌曾挪用国库五千两白银，并且未曾归还。可以得知，雍正处死赵昌，说明赵昌这个太监并不简单。雍正即位后，大臣们给康熙上谥号曰：“合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝”，拟庙号为“圣祖”。雍正为表孝心，刺破自己的中指，用血圈出“圣祖”二字。由此，康熙大帝即成清圣祖。康熙的安息之地曰景陵，在顺治孝陵的东南约两里之地。雍正元年（1623年）八月，雍正亲自为景陵书写碑文，同时他又让诚亲王允祉（三阿哥）、敦亲王允佑（七阿哥），以及善于书法的翰林们各写一份，最后，自己也写了一份。因为皇后赫舍里氏早逝，景陵在康熙十五年（1676年）便已经破土动工，并于康熙二十年修建完成。康熙的前三个皇后赫舍里氏、钮钴禄氏和佟佳氏，她们的梓宫都早已放进了地宫，地宫的门一直开着，她们已经在那里等待康熙的到来，等了有几十年的时间（最早入葬的赫舍里氏已经去世近半个世纪了）。雍正元年（1723年）四月，康熙梓宫运往遵化景陵安葬后，雍正谕令胤禵留住景陵附近的汤泉，不许返回京师，并命马兰峪总兵范时绎监视他的行动。一直到雍正元年（1723年）九月，康熙的梓宫运进景陵后，地宫才最后关闭。雍正三年（1725年）十二月，雍正展开了对当年参与储位争夺的兄弟的彻底打击，胤禵被革去王爵，降授固山贝子。雍正四年（1727年）初，雍正革去胤禵固山贝子，谕令把他押回北京，囚禁于景山寿皇殿内。雍正为防止再出现兄弟间争夺皇位的惨剧，从此实行秘密建储制度，不再公开设立太子，而是由皇帝写诏书并放置于乾清宫正大光明匾额后，皇帝自己也私备一份，待皇帝驾崩后，由御前大臣取出两份遗诏，当场对照无误后，才能宣布继承人。年羹尧在外为雍正帝夺嫡出力，牵制胤禵，使其不能有大作为，与在北京的隆科多互相配合，确保雍正顺利登基。雍正帝即位第二天，雍正帝即下旨召胤禵还朝，安排贝子延信管理其印信，并会同川陕总督年羹尧一起管理西北军政事务。雍正元年（1723年）二月，年羹尧来京为康熙帝奔丧，雍正帝加年羹尧二等阿达哈哈番世职。三月，又加太保衔，旋即晋封三等公。此外，年羹尧的妹妹被册为贵妃，在宫中地位仅次于皇后乌拉那拉氏，赋闲多年的年羹尧长兄年希尧被起用为署理广东巡抚，年羹尧的妹夫胡凤翚被任命为苏州织造兼苏州浒墅关监督，年已八旬的年遐龄也获加尚书虚衔。真是一人得道鸡犬升天。鉴于九子夺嫡之残酷和无情，清朝没有行之有效的立储制度，常因皇位继承权产生争端，雍正此后确立了秘密立储制度，很好有效地避免了像九子夺嫡那样无情的悲剧发生。